En raison de sa situation géographique, l’Arche Chilcotin compte de nombreuses rivières, ruisseaux et lacs. Ils constituent l’habitat d’une grande variété de poissons, qui jouent un rôle important dans le réseau alimentaire des écosystèmes. Les espèces de poissons les plus courantes dans l’Arche Chilcotin sont le saumon coho, le saumon kokanee, la Dolly Varden, la truite mouchetée et la truite arc-en-ciel.